La présence juive bisontine semble dater du premier siècle, du moins elle est attestée à l’époque par des documents officiels.
Le quartier juif était historiquement autour de la boucle du Doubs. La rue Juive se situait sur l’actuelle rue Richebourg . Le cimetière juif était quant à lui situé en face de la Porte de Charmont. Les juifs bisontins furent expulsés au 15e siècle. Ils furent autorisés à y parvenir de manière très parcimonieuse.
Suite à l’émancipation des juifs par la Révolution française, la communauté juive bisontine s’y établit à nouveau. Une vingtaine de familles la constituent en 1807.
La synagogue actuelle, de style mauresque selon l’architecte Pierre Marnotte, a été inaugurée en 1869. Elle succède à une autre synagogue construite rue de la Madeleine, dans le quartier de Battant en 1831, devenue trop petite pour accueillir les fidèles.
La venue de juifs d’Alsace-Lorraine suite à la guerre de 1870 permit un accroissement de la communauté. 763 juifs bisontins sont recensés par le Consistoire en 1897. 20 soldats juifs bisontins meurent les armes à la main pendant la Première Guerre mondiale comme le rappelle un monument situé à l’entrée du cimetière juif de la ville.
Si 170 familles juives bisontines habitaient dans la ville au début du 20e siècle, grâce notamment à l’arrivée de réfugiés des révolutions russes et de la montée de l’antisémitisme en Allemagne, la Shoah fit de nombreuses victimes à Besançon.
La communauté retrouva un deuxième souffle avec l’arrivée de juifs d’Afrique du Nord dans les années 1960. Le Centre Jérôme Cahen (nommé en hommage à l’ancien rabbin de la ville) a été ouvert dans les années 1970 et organise de nombreux événements liés à la culture juive.
Une journée de commémoration de la Rafle du Vél’d’hiv a été organisée à la mémoire des victimes au mémorial de la déportation au cimetière des Chaprais de Besançon sont gravés 102 noms de bisontins déportés pendant la Seconde Guerre mondiale. Cette journée avait également pour but de combattre l’antisémitisme, en rappelant à la fois la forte montée depuis le début des années 2000 et plus particulièrement depuis 2023. En évoquant aussi le courage qu’on eut les Justes pendant la guerre et le courage de se lever aujourd’hui aussi contre la recrudescence de l’antisémitisme.