La présence juive génoise semble dater du 6^e siècle au moins, lorsque Théodoric autorisa la communauté à y rénover une synagogue, qui fut détruite lors d’actions de locaux hostiles. Cette présence fut très limitée au Moyen Age, Benjamin de Tudèle y nota seulement celle de deux juifs, teinturiers originaires d’Afrique du Nord.

Dans le tournant de l’Inquisition espagnole, les juifs furent autorisés à s’installer à Gênes et expulsés à plusieurs reprises le long du 16^e siècle. Il en fut de même pour l’obligation de vivre dans un ghetto, parfois appliquée de manière vigoureuse, parfois souple.

En 1516, la première bible en plusieurs langues fut publiée à Gênes, mêlant hébreu, grec, latin, araméen et arabe. Il y fut mentionné des notes de bas de page sur Christophe Colomb. Son fils se plaignit auprès des autorités de la description de son père. Celles-ci ordonnèrent que les 2000 livres imprimés soient détruits. Quelques exemplaires survécurent à ce décret. Un de ceux-ci fut d’ailleurs vendu aux enchères à New York en 2017.

Si la population juive génoise ne fut que de 70 en 1763, l’égalité en droit accordée en 1848, permit à cette population d’augmenter et de représenter en ces années près de mille personnes.

Une nouvelle synagogue est inaugurée en 1935 pour les 2500 juifs génois. Comme dans le reste de l’Italie, ils seront victimes des lois raciales de 1938. Suite à cette application et avant l’occupation allemande de la ville en 1943, de nombreux juifs réussissent à fuir. 238 juifs sont déportés, parmi lesquels seuls 10 survivront.

A la fin du 19^e siècle, un nouveau cimetière juif fut utilisé par la communauté et les tombes situées dans l’ancien furent transférées en ce lieu.