Des marranes fuyant l’Inquisition se sont installés à Hambourg à la fin du 16e siècle. Ils participèrent rapidement à la vie active de la ville, s’illustrant dans de nombreuses professions liées à l’économie de la ville : construction portuaire, banque, tisserands, importations de sucre et de tabac… Mais aussi l’impression de livres en hébreu. La communauté sépharade avait trois synagogues au 17e siècle.
Peu de temps après l’établissement du judaïsme sépharade à Hambourg, une communauté ashkénaze vit le jour au début du 17e siècle. Celle-ci fut renforcée par l’arrivée de juifs de l’Est, fuyant les persécutions. En 1671, les trois congrégations de Hambourg, Altona et Wandsbek s’unirent.
Au début du 19e siècle, près de 6500 juifs habitent à Hambourg. L’activité politique de Gabriel Riesser permit aux juifs d’obtenir la citoyenneté en 1850. Une grande activité culturelle s’y développa, avec notamment l’historien de l’art Aby Warburg et le philosophe Ernst Cassirer. Des centaines de livres en hébreu furent publiés entre le 17e et le 19e siècles. Une des premières synagogues libérales fut construite à Hambourg en 1844, mêlant un style gothique et mauresque. Les ruines de cette synagogue sont aujourd’hui visibles.
La communauté juive devint au tournant du 20e siècle une des plus importantes d’Allemagne, avec près de 20000 juifs. Suite à la prise de pouvoir par le régime nazi, des milliers de juifs prirent la fuite. Près de 9000 juifs hambourgeois furent assassinés pendant la Shoah.
Au lendemain de la guerre, une petite communauté constituée des centaines de juifs survivants vit le jour. Jusqu’à la fin des années 1980, le nombre de juifs hambourgeois oscilla entre 1000 et 2000. L’arrivée de juifs d’Iran et de l’ex-URSS renforça la communauté. En 2020 a été décidé la reconstruction de la synagogue Bornplatz . On compte en 2022 près de 2500 juifs hambourgeois.
Le cimetière juif d’Altona est un des plus anciens d’Europe du Nord, avec d’anciennes tombes ashkénazes et sépharades. Egalement à visiter le cimetière juif d’Ohlsdorf avec de nombreuses tombes de soldats.