Des marranes fuyant l’Inquisition se sont installés à Hambourg à la fin du 16e siècle. Ils participèrent rapidement à la vie active de la ville, s’illustrant dans de nombreuses professions liées à l’économie de la ville : construction portuaire, banque, tisserands, importations de sucre et de tabac… Mais aussi l’impression de livres en hébreu. La communauté sépharade avait trois synagogues au 17e siècle.

Peu de temps après l’établissement du judaïsme sépharade à Hambourg, une communauté ashkénaze vit le jour au début du 17e siècle. Celle-ci fut renforcée par l’arrivée de juifs de l’Est, fuyant les persécutions. En 1671, les trois congrégations de Hambourg, Altona et Wandsbek s’unirent.
Au début du 19e siècle, près de 6 500 juifs habitent à Hambourg. L’activité politique de Gabriel Riesser permit aux juifs d’obtenir la citoyenneté en 1850. Une grande activité culturelle s’y développa, avec notamment l’historien de l’art Aby Warburg et le philosophe Ernst Cassirer. Des centaines de livres en hébreu furent publiés entre le 17e et le 19e siècles. Une des premières synagogues libérales fut construite à Hambourg en 1844, mêlant un style gothique et mauresque. Les ruines de cette synagogue sont aujourd’hui visibles.

Le cimetière juif d’Altona est un des plus anciens d’Europe du Nord, avec d’anciennes tombes ashkénazes et sépharades. Également à visiter, le cimetière juif d’Ohlsdorf avec de nombreuses tombes de soldats.
La communauté juive devint au tournant du 20e siècle une des plus importantes d’Allemagne, avec près de 20 000 Juifs. Suite à la prise de pouvoir par le régime nazi, des milliers de juifs prirent la fuite. Près de 9 000 juifs hambourgeois furent assassinés pendant la Shoah.
Au lendemain de la guerre, une petite communauté constituée des centaines de juifs survivants vit le jour. Jusqu’à la fin des années 1980, le nombre de juifs hambourgeois oscilla entre 1 000 et 2 000. L’arrivée de juifs d’Iran et de l’ex-URSS renforça la communauté. En 2020 a été décidée la construction de la synagogue Bornplatz . On compte en 2025 près de 2 500 juifs hambourgeois.
La présence de plus de 5000 juifs hambourgeois constitue la preuve en 2025 du développement de la vie culturelle juive dans cette ville portuaire. Un projet est en cours pour la reconstruction de la grande synagogue de la Bornplatz, témoin de ce renouveau. Cela, malgré la hausse des actes antisémites et la volonté d’extrémistes de tout bord d’invisibiliser la présence et la mémoire juive dans la plupart des villes européennes, dont Hambourg, depuis le pogrom du 7-Octobre. La ville de Hambourg, ainsi que les autres autorités locales et gouvernementales allemandes luttent activement contre cette haute vertigineuse des actes antisémites.