Ce joli port situé au nord-est d’Édimbourg accueillit des juifs en 1665, embarqués dans un bateau qui voguait vers l’Orient afin d’y rejoindre la figure messianique controversée Shabbetai Zvi. Cette présence dans la ville d’Aberdeen est attestée par des courriers envoyés à partir de celle-ci.
La ville se distingua par son accueil grâce à l’université Marischal qui fut une des premières de Grande-Bretagne à permettre aux étudiants juifs de ne pas être de simples auditeurs libres, mais d’avoir accès aux mêmes diplômes que les autres étudiants inscrits à l’université. Principalement en médecine, mais ces juifs ne résidaient pas dans la ville.
La Bibliothèque de l’université de Marischal (intégrée aujourd’hui dans l’université d’Aberdeen) possède d’ailleurs de très précieux manuscrits. Parmi lesquels une ancienne bible de Naples de rite sépharade.
Une petite communauté fut créée à la fin du 19e siècle, probablement en 1893. Elle était principalement constituée de juifs issus de Russie et de Pologne qui se réunissaient pour prier dans un appartement situé sur Marischal Street.
En 1945, un centre communautaire fut installé dans une maison de Dee Street. Ce lieu accueille aujourd’hui la synagogue, ouverte en 1983.
La population juive reste toutefois assez faible, passant de 85 en 1966, à 40 en 1971 et à 30 en 2001. Il y a en 2020 en tout et pour tout, 250 juifs qui vivent à Aberdeen et dans les villages environnants.