Si une présence juive belfortaine est mentionnée dans des documents du Moyen Âge, l’installation d’une communauté se concrétise plutôt à la fin du 18e siècle. Leur présence dans les villes voisines comme Foussemagne est plus ancienne. L’émancipation des juifs de France avec l’esprit et l’autorité de la Révolution française facilite leur installation.

Ainsi, à partir de 1791, ils habitent principalement la vieille ville. La première naissance est célébrée l’année suivante et le premier mariage juif un an plus tard. La communauté compte 475 juifs en 1823.
Une synagogue est construite en 1830 et sera démolie peu de temps après, car elle se trouvait enclavée dans un terrain militaire. La synagogue actuelle a été inaugurée le 26 mars 1857 par Salomon Wolf Klein, le grand-rabbin du Haut-Rhin.
La synagogue a été construite par l’architecte Diogène Poisat Aîné. La façade du bâtiment est de style romano-byzantin. Elle possède deux pavillons à coupoles symétriques et trois portails. A l’intérieur, l’arche est surmontée d’un vitrail en rosace. Des motifs floraux et arabesques décorent celle-ci. La synagogue est inscrite au patrimoine régional pour une raison supplémentaire, la présence d’une horloge Ungerer du milieu du 19e siècle.
La communauté s’agrandit suite à 1870 et à l’arrivée de juifs d’Alsace. Puis, avec la venue de juifs polonais. Sur les 700 juifs présents avant la Seconde Guerre mondiale, 245 sont assassinés. Après la guerre, la communauté se reconstruit, avec la venue de juifs européens puis d’Afrique du Nord.
Belfort possède également un cimetière juif qui date de 1811. Des visites sont organisées par le Département du Territoire de Belfort.
Une plaque commémorative a été dévoilée en décembre 2024 à la synagogue de Belfort. Cela, grâce au travail documenté de Nadia Hofnung, en souvenir des rabbins et des présidents de la communauté israélite belfortaine depuis 1791. L’historienne travaille également sur le sort des déportées durant la Seconde Guerre mondiale dans le nord de la Franche-Comté. Afin d’honorer leur mémoire, mais aussi de servir de support pour les enseignants.
Dans le cadre du Programme Patrimoine juif, lancé en 2025, la Fondation Edmond J. Safra, par l’intermédiaire de la Fondation du patrimoine, a participé à la sauvegarde et à la rénovation de bâtiments. Notamment les synagogues de Toul, Metz, Colmar, Nantes et Elbeuf, ainsi que l’immeuble Beaucaire à l’Isle-sur-la-Sorgue et le cimetière juif de Belfort. Une volonté de préservation de patrimoine ainsi que de partage de cette histoire pour les futures générations. Un projet de quatre parcours thématiques est prévu dans cette démarche de sauvegarde du cimetière juif de Belfort, où se trouvent notamment des membres de la famille du capitaine Dreyfus. Le projet est porté par l’association Judaïques Cultures de Belfort. Les quatre parcours ont été imaginés par Nadia Hofnung et ont pour thème l’art et l’histoire, la vie juive, la société civile et les combattants, résistants et victimes civiles de conflits.