En 1341, Robert, comte de Provence, ordonna que fût effectué un recensement grâce auquel nous savons que la population juive d’Aix comptait alors 1205 personnes, réparties en 203 familles regroupées dans le quartier juif.
Dans son livre Provincia Judaica : Dictionnaire de géographie historique des juifs en Provence médiévale, Danièle Iancu-Agou rappelle un texte cité par J.S. Pitton de l’archevêque Pierre IV qui autorise aux juifs la construction d’une synagogue et un cimetière dans la ville des Tours : « Les Juifs demeurant à Aix, de quelque condition qu’ils soient, riches ou pauvres, nobles ou non, en petit nombre ou nombreux, à compter d’aujourd’hui devront désormais payer annuellement, pour le jour de Pâques, un cens de deux livres de poivre de la meilleure qualité au seigneur Pierre et à ses successeurs l’an 1143 et cela pour le rouleau, le cimetière et la lampe. » Cette synagogue aurait été située sur une place proche de la rue Celony actuelle.
Au 14e siècle, les juifs émigrent dans la ville comtale, y établissant une synagogue dont des textes datant de 1390 confirment la présence à l’angle des anciennes rues Vivaut et Verrerie. Lieu important de la vie juive pendant le 15e siècle, l’immeuble et ceux environnants accueillait également une école, une boucherie cachère, une maison de l’aumône et des services sociaux. Le bâtiment principal sera finalement vendu en 1501.
Deux cimetières juifs aixois existaient également à l’époque. Le principal daterait probablement du 10e siècle et aurait été situé entre la route de Puyricard et la route nationale. Les juifs y sont enterrés jusqu’au 15e siècle. Le musée Granet conserve le moulage d’une inscription funéraire dont le texte précise: « Rabbi Salomon fils du rabbin David […] En-haut en l’an [500] 2 »; l’année 5002 correspond à 1241-2.
Lorsque le roi René, duc d’Anjou se retira à Aix en 1471, il permit une relative prospérité aux juifs de la ville, à l’abris des violences et expulsions régionales, en échange d’une contribution élevée aux finances de la ville. Suite à sa mort en 1480, le roi Charles VIII prit un décret d’expulsion des juifs de la province. Près de 400 juifs vivaient à Aix avant l’expulsion, la plupart émigrant ensuite dans le Comtat Venaissin.
La réinstallation des juifs à Aix se fit principalement suite à l’émancipation postrévolutionnaire. Une synagogue fut inaugurée rue Mazarine en 1840. De nombreux juifs aixois furent déportés pendant la Shoah. Le peu de juifs qui restaient dans la ville décidèrent de vendre la synagogue après-guerre.
Suite à la venue de nombreux juifs d’Algérie au début des années 1960, une synagogue fut construite rue de Jérusalem. La première pierre étant posée par le grand musicien Darius Milhaud, dont le grand-père avait été président de la communauté un siècle auparavant.
Cette synagogue aixoise se transforma en Centre Culturel Darius Milhaud en 1997 lorsqu’une nouvelle et plus grande synagogue fut construite juste à côté. Il y a environ 2500 juifs aujourd’hui à Aix.
Parmi les autres grandes figures de la ville, on peut citer les maires d’Aix Jasuda Bédarride et son frère Salomon Bédarride et bien sûr Jules Isaac, grand bâtisseur de l’amitié judéo-chrétienne, qui s’y réfugia en 1940.