Une communauté juive s’installa dans la ville dans les années 1750, avec de nombreux artisans parmi eux. La population juive évolua rapidement au XIXe siècle, passant de 1 559 en 1815 à 2 918 en 1847. L’installation de rails et le développement des industries du bois et des céréales accélérèrent la croissance de la ville.
En 1898, il y avait près de 5 000 artisans juifs en ville. Les professions devinrent plus diverses. On trouvait de nombreux juifs dans l’industrie ferroviaire, l’agriculture, le travail des matières comme le cuir et les tissus. Les mouvements ouvriers du Bund et le Poalei Zion se développèrent, ainsi que des mouvements d’autodéfense face aux pogroms.
À cette époque, les 32 400 juifs représentaient près de la moitié de la population de la ville. D’éminents rabbins étaient issus de ses yeshivot, comme le mitnagged Meir Simhah Hakohen et le hassid Joseph Rozin.
La Première Guerre mondiale provoqua la destruction d’une partie de la ville et la fuite de nombreux habitants. Dans les années 20, il n’y avait plus que 11 000 Juifs. Les mouvements sionistes y rencontrèrent un certain succès, ainsi que les six écoles juives qui accueillirent de nombreux élèves.
L’occupation soviétique en 1940-1 provoqua la fermeture des mouvements, organisations et institutions juives. L’enseignement dans les écoles juives fut autorisé uniquement en se basant sur le curriculum russe.
Lorsque les nazis occupèrent la ville en 1941, un pogrom fut organisé. Les synagogues furent brûlées ou réquisitionnées. 1 150 juifs furent assassinés en une semaine et les 15 000 juifs restants placés dans des ghettos. De nombreux autres massacres s’y déroulèrent pendant la guerre. Ainsi, à Daugavpils, 9 000 juifs furent assassinés pendant la Shoah.
En 1970, une communauté de 2 000 juifs s’y était reconstituée, disposant d’une synagogue en activité. Suite à l’émigration, il ne reste plus aujourd’hui que quelques centaines de juifs à Daugavpils.
La synagogue restante a été construite en 1850. Elle se trouve dans une partie centrale de la ville. Au deuxième étage, elle accueille le musée juif de la ville. Toute visite requiert une demande préalable.