La présence juive dans la ville de Trikala semble dater de la période byzantine. Mais il n’y a pas beaucoup de trace de cette présence.
La venue des juifs d’Espagne suite à l’Inquisition, ainsi que celle des juifs du Portugal, de Hongrie et de Sicile augmentèrent le nombre des membres de la communauté. Une grande partie de ces juifs travaillèrent dans le tissage de la laine.
En 1749, un feu ravagea la ville et le quartier juif ainsi que les synagogues furent sérieusement endommagées.
La communauté se développa à nouveau avec la libération de la ville des forces turques et son intégration au royaume grec. Avec la création notamment d’un talmud torah et la rénovation de ses synagogues.
Selon le recensement de 1907, il y avait 110 familles juives dans la ville de Trikala. Un chiffre qui augmenta vingt ans plus tard à 120 familles.
Lors du déclenchement de la Seconde Guerre mondiale, l’armée grecque compta de nombreux juifs engagés dont une partie non négligeable de Trikala. Pendant la Shoah, une bonne partie des 500 juifs purent s’enfuir. Dans la nuit du 23 mars 1944, 112 furent arrêtés et déportés. Seul une dizaine de survivants retournèrent à Trikala à la fin de la guerre.
Au lendemain de la guerre, la communauté était constituée de 73 familles. Des travaux de rénovations furent entrepris, notamment au cimetière juif de la ville. Seuls 101 juifs vivaient à Trikala en 1967. A la fin du 20e siècle, la population juive comptait une quarantaine de membres.
Le quartier juif avait trois synagogues, la Kahal Kadosh Yevanim, la Kahal Kadosh Sephardim et la Kahal Kadosh Sicilianim. La grande et ancienne synagogue Kahal Kadosh Yevanim fut détruite en 1930 en raison de son état.
Une nouvelle synagogue fut construite mais rapidement endommagée par les occupants allemands pendant la guerre. Les rénovations d’après-guerre furent à nouveau mises à mal, cette fois-ci à cause d’un tremblement de terre en 1954. Elle a été reconstruite et inaugurée en 1957.
La petite synagogue qui se trouvait sur la rue Kondyli subit les mêmes dommages pendant la guerre et le tremblement de terre. Elle fut réutilisée pour loger les victimes du tremblement de terre.
Le cimetière juif est situé au nord de la ville, à proximité de l’autoroute reliant Trikala à Kalambaka. Certaines tombes ont plus de quatre siècles. Des travaux de rénovation ont été entrepris à plusieurs reprises suite à des détériorations naturelles ou volontaires. La synagogue a également subi des dégradations liées à des actes antisémites en 2019. En 2020 ce fut à nouveau le cas du cimetière.
La ré-inauguration de la synagogue Kahal Kadosh Yevanim s’est déroulée en 2022. Elle s’inscrivait dans le cadre d’une célébration de trois jours comprenant un concert, une cérémonie d’inauguration et une exposition dans un musée local sur le projet de restauration.