La présence juive lucernoise date probablement du 13^e siècle. Durant le Moyen Âge, comme dans de nombreuses autres villes de la région, la situation des juifs varia entre accueil, persécutions et expulsions, selon le pouvoir en place. Dans la vague des grandes expulsions qui se déroulèrent entre la fin du 14^e et la fin du 15^e, les juifs lucernois furent expulsés en 1384.

Au début du 19^e siècle la communauté juive se recrée à Lucerne. Il y avait alors un lieu de culte, un mikve et une école et des associations sociales. En 1912 fut construite la synagogue de Lucerne grâce au soutien de Josef Croner, un habitant de Karlsruhe enthousiasmé par la ville et la communauté. Elle fut imaginée par l’architecte Max Seckbach.

Si de nombreuses personnes trouvèrent refuge dans l’entre-deux-guerres et pendant la Shoah, la population juive chuta dans la deuxième partie du 20^e siècle, principalement vers d’autres villes du pays.

En 2025, on compte une quarantaine de familles juives à Lucerne.