La Hollande a toujours accueilli les réfugiés politiques et religieux. Les juifs, quoique présents depuis le XIIe siècle, y trouvent pour la première fois la possibilité d’afficher leur religion après la première grande vague d’immigration de la fin du XVIe siècle, en provenance d’Espagne et du Portugal. Ce sont, en effet, d’abord les séfarades qui marquent ce pays de leur empreinte. Cette province en lutte contre la domination espagnole qui cherche à imposer aux calvinistes la religion catholique, ainsi qu’une centralisation et des impôts impopulaires, constitue pour eux une terre d’accueil inespérée. Dans le contexte mouvementé de l’époque, les juifs préfèrent d’ailleurs se présenter comme des Portugais plutôt que comme des Espagnols, y compris lorsqu’ils arrivent de Castille ou d’Andalousie. Le premier noyau s’installe sur les bords de l’Amstel. Il faudra une quinzaine d’années à cette communauté pour être reconnue.

Très discrets jusqu’en 1616, les juifs, qui utilisent des noms hollandais pour mener à bien leurs affaires, vont peu à peu se déclarer ouvertement, se faire circoncire et renouer avec une tradition qu’une partie d’entre eux ne connaît même pas. Ils sont alors tolérés en Hollande mais ne peuvent pas encore remplir de charge civile ou militaire. Ils ne peuvent se marier avec des chrétiens, ni faire de prosélytisme. Les guildes et le commerce de détail leur sont interdits, mais il n’existe aucun ghetto.

La première synagogue est construite à Amsterdam en 1612. En 1619, une loi stipule que chaque ville du pays est libre d’adopter sa propre politique vis-à-vis des juifs, mais qu’elles ne peuvent en aucun cas leur demander d’afficher un signe distinctif. En 1657, la Hollande les reconnaît officiellement comme sujets du pays.

Les autorités néerlandaises leur demandent non seulement de déclarer leur religion, mais de se comporter comme de « bons juifs», c’est-à-dire de manière orthodoxe. Cette exigence, également appliquée aux différentes composantes du protestantisme dans le pays, et qui va au-delà de la liberté de culte, a de quoi plonger la plupart des exilés dans une certaine perplexité.

Ces crypto-juifs ou marranes, ayant largement modifié les rituels juifs en les pratiquant en cachette, ne savent plus en quoi consiste exactement leur religion et doivent faire venir des rabbins d’autres pays à leur secours. Le premier d’entre eux fut un rabbin hispanophone de Salonique (Grèce). La nouvelle « règle du jeu » donne un pouvoir important aux chefs religieux des communautés juives, qui édictent des règles très strictes. Ces dirigeants (parnassim) sont responsables envers les autorités hollandaises du bon ordre au sein de leur groupe. La communauté fonde sa première synagogue, crée ses institutions éducatives (des écoles talmudiques ouvrent à Amsterdam : le premier Talmud Torah accueille un jeune garçon de cinq ans, qui deviendra le célèbre philosophe Baruch Spinoza) et caritatives, jusqu’à un tribunal de commerce pour régler les litiges entre juifs. Il faut payer une taxe pour faire partie de la communauté et se soumettre à ses règles. Faute d’obéissance, la menace de mise au ban de la communauté (herem) signifie l’isolement pour un individu (il est interdit, même aux membres de sa famille, de lui adresser la parole) et un vide juridique, puisque les magistrats d’Amsterdam ne reconnaissent que les communautés religieuses : la non-appartenance à une communauté religieuse est impensable et source de graves problèmes en Hollande. Les registres conservés recensent des herem allant d’un jour à onze ans.

C’est seulement à partir de 1635 que des juifs originaires d’Europe de l’Est s’installent, d’abord en provenance d’Allemagne, puis de Pologne et de Lituanie après 1648. Ils arrivent en général complètement démunis et vivent dans des taudis.

Au milieu du XVIIe siècle, 20 % des courtiers assermentés à la Bourse d’Amsterdam sont juifs. Ils ont un savoir-faire reconnu, grâce notamment à leur connaissance des langues et au réseau constitué par la diaspora. Ces qualités leur permettent également d’exercer un rôle d’intermédiaires diplomatiques. Ils ont aussi la possibilité de faire carrière dans la banque et le commerce. Ils occupent des positions en vue dans le travail de la soie, les raffineries de sucre, la taille du diamant, ainsi qu’en tant qu’imprimeurs, libraires (de livres religieux d’abord) et médecins. Certains s’impliquent dans le commerce avec les Antilles et les Indes néerlandaises, allant jusqu’à détenir le quart des actions de la Compagnie des Indes.

Au milieu du XVIIIe siècle, Amsterdam possède la plus grande communauté juive d’Europe. Avec la Révolution française et la conquête de la République batave, l’Assemblée nationale accorde, en 1796, l’ensemble des droits civiques aux 23400 juifs de Hollande. Le pays est le premier en Europe à accepter des juifs au Parlement et à leur confier des postes gouvernementaux. Napoléon Bonaparte est par ailleurs l’initiateur d’un concordat régulant les relations entre juifs « allemands» et « portugais», et d’une organisation commune sous la houlette d’un consistoire supérieur.

Le roi Guillaume Ier (1815-1840) favorise également le sort et l’éducation de la communauté juive. En 1857, les juifs ont l’obligation de fréquenter les écoles publiques et de réserver l’éducation religieuse au dimanche et aux cours du soir. Des écoles juives ne sont rouvertes qu’au XXe siècle, à Amsterdam toujours.

La première moitié du XXe siècle est ainsi marquée par un déclin de la structure communautaire traditionnelle juive, avec un nombre croissant de mariages mixtes. Les nouveaux capitaines d’industrie comme Van den Bergh, dont l’usine de margarine donnera naissance au géant Unilever, ou ceux qui se distinguent à la tête de chaînes de grands magasins sont parfaitement intégrés. Il existe encore des journaux juifs à la veille de la Seconde Guerre mondiale (quatre hebdomadaires, de nombreux mensuels et magazines), mais ils sont désormais en néerlandais.

Le pays est occupé par les troupes allemandes en mai 1940. Les juifs néerlandais payent un très lourd tribut à la domination nazie : 104000 seront assassinés, sur un total de 140 000. Une minorité de Néerlandais oppose aux nazis une résistance active. Ils aident en particulier 22 000 juifs à se cacher. Environ 8 000 se feront néanmoins prendre.

Après la guerre, entre 20000 et 30000 juifs ont réintégré leur foyer. Ils sont au nombre d’environ 27000 à l’aube du troisième millénaire, sur une population totale de 15,5 millions d’habitants. Il reste trente synagogues sur la centaine existant en 1940. Des services réguliers n’ont lieu que dans quelques-unes d’entre elles.