Il semble que la présence en Seine-et Marne date du Moyen-Age. Parmi les villes où ils s’établirent on compte Meaux, Lagny, Provins, Melun, Livry-sur-Seine, Bray-sur-Seine, Foljuif, Nemours, Château-Landon, Brie-Comte-Robert, Montoix, Pontault-Combault, Nangis, Lizy-sur-Ourcq, Coulommiers, Montereau-fault-Yonne, Donnemarie-en-Montois et Herbeauvilliers.
Suite à l’expulsion de 1394 et au retour graduel des juifs en France, la présence juive bellifontaine date probablement des séjours du Roi à dans le château, étant plus professionnelle ou intellectuelle que résidentielle. François 1er emmena probablement son médecin juif à Fontainebleau, eut un médecin juif originaire de Constantinople en 1538. Elie de Montaldo, médecin personnel de Marie de Médicis et du futur Louis XIII, obtint l’autorisation de pratiquer sa foi.
La Bibliothèque royale de Fontainebleau possédait des manuscrits hébraïques avant sa réunification à la Bibliothèque Nationale. La Reine Christine de Suède qui logeait au château en 1657, reçut des mains du savant chrétien Gilbert Gaulmin une centaine de manuscrits hébraïques. L’abbé Antoine Guénée, décédé à Fontainebleau en 1803, fut l’auteur des « Lettres de quelques juifs portugais, allemands et polonais à M. de Voltaire » et eut des échanges vigoureux avec celui-ci au sujet de l’antisémitisme du philosophe. Une stèle érigée en son hommage se trouve actuellement à l’hôpital de Fontainebleau.
En 1784, des juifs s’installent à Fontainebleau. Lors du recensement de 1808, la communauté compte 121 juifs, dont une majorité d’enfants. La plupart ont noms patronymes issus d’Alsace. A la fin du siècle, on la ville possède une synagogue située rue des Trois Maillets, puis une autre dans la Ruelle des Maudinés. En 1857, la communauté inaugure un nouveau temple, dessiné par l’architecte Nathan Salomon.
Pendant l’occupation, la synagogue est dégradée puis incendiée. Au lendemain de la guerre, la communauté se reconstruit grâce au retour de juifs de Fontainebleau exilés et de juifs sépharades venus dans les années 60.